Sekretariatet for Områdefornyelsen ledes af en projektleder, der er Styregruppens sekretær og Områdefornyelsens daglige leder. Projektlederen og Sekretariatets øvrige medarbejdere varetager store og små opgaver i arbejdet med at realisere Byfornyelsesprogrammet og understøtte Styregruppens øvrige arbejde. Desuden sørger Sekretariatet for bl.a. regnskab og kommunikationsarbejde. Projektlederen har i samarbejde med Styregruppen og Kvarterløftsekretariatet ansvaret for den økonomiske forvaltning af projekterne.

Områdefornyelsens Sekretariat er rent organisatorisk placeret under Kvarterløftsekretariatet under Plan & Arkitektur i Københavns Kommunes Teknik- og Miljøforvaltning.